<AI>
JavaFXアプリケーションの自己更新（ファイルの上書き）と再起動を行うには、
「Java側で更新プログラムをダウンロードして終了し、
その直後にバッチファイルを起動して古いファイルを置き換え、再度アプリを起動する」というアプローチをとります。

実行中のファイルはOSによってロックされているため、メインプログラム終了後にバッチファイルへ処理を切り替えるのが最も確実です。
以下に、Windows環境を想定した具体的な実装手順を解説します。

1. メインプログラム（JavaFX）での処理Java側では、サーバーから新しいJARファイルをダウンロードし、
更新用のバッチファイルを生成して実行します。その後、System.exit(0)で自身を終了させます。

java

import java.io.IOException;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.nio.file.Paths;
import java.util.List;

public class UpdateUtil {

    public static void startUpdateAndSwitchBatch() {
        try {
            // 1. 更新用バッチファイルのパス
            Path batchPath = Paths.get("update.bat");

            // 2. バッチファイルの内容を作成
            List batchContent = List.of(
                "@echo off",
                "timeout /t 3 > nul", // メインプログラムが確実に終了するまで待機（3秒）",
                "echo Updating application...",
                "del /f /q main_app.jar", // 古いJARファイルを削除
                "move /y update_temp.jar main_app.jar", // 新しいJARをリネームして配置
                "start main_app.jar", // アプリケーションを再起動
                "del update.bat" // 最後にバッチファイル自身を削除
            );

            // 3. バッチファイルを出力
            Files.write(batchPath, batchContent);

            // 4. バッチプロセスを起動
            Runtime.getRuntime().exec("cmd.exe /c start update.bat");

            // 5. メインプログラムを終了
            System.exit(0);

        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

2. メインプログラムを起動するバッチファイル（start.bat）

直接JARファイルをクリックして起動するのではなく、あらかじめ用意したバッチファイルを起点に起動するように運用を変更します。

bat

@echo off
rem アプリケーションの起動
start /B javaw -jar main_app.jar

3. 注意点・回避策

・ ファイルの競合を防ぐ:

 timeout /t 3 > nul の部分で、Javaプロセスが完全に終了してファイルロックが解除されるまでの待ち時間を設けています。
 マシンのスペックに合わせて適宜調整してください。
 
・ JVMの制約について:

 Javaは起動中に自分自身のファイルを直接上書き・削除できないため、このバッチファイルによる「外部処理への委譲」が必須となります。
 
 より高度な自動更新を行いたい場合は、jpackage（JDK 14以降で導入されたパッケージングツール）の標準機能を利用するか、
 UpdateFXなどのオープンソースライブラリの導入も検討してみてください