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Windows上にMariaDBを2つ(複数のインスタンス)インストールして同時に使用することは可能です。 

ただし、MSI形式の標準インストーラーでは自動的に2つ目を設定できないため、
以下の設定をそれぞれ異なるものにして、手動でインストールまたは設定する必要があります。

1. 2つ同時に使うための要件(異なる設定が必要)

2つのMariaDBインスタンスが衝突しないように、以下の項目をインスタンスごとに分けて定義します。

ポート番号 (通常は3306を別々の番号、例:3306と3307にする)

データディレクトリ (データを保存するフォルダを別にする)

サービス名 (Windowsサービス名、例:MariaDB, MariaDB2025)

my.iniファイル (設定ファイル) 

2. 2つ目をインストール・設定する方法

通常インストール: 1つ目のMariaDBをインストールする(通常はポート3306)。

バイナリ(zip版)の利用: 
2つ目は「Noinstall zip版」をダウンロードし、別のフォルダに解凍して展開する。

設定ファイルの変更: 
解凍したフォルダのmy.iniを編集し、ポート(例:3307)とデータ保存パスを変更する。

サービス登録: 
コマンドプロンプトを管理者権限で開き、mysqld --installコマンドを使って、異なるサービス名で登録する。

例: mysqld --install MariaDB2 --defaults-file=C:\path\to\new\my.ini

起動: 
Windowsのサービス画面から2つ目のサービスを起動する。 

3. おすすめの方法

もし開発用や一時的な利用であれば、以下の方法が簡単です。

Docker を使う: docker-compose で異なるポートを指定し、MariaDBのコンテナを2つ立ち上げる。

ポータブル版/ZIP版: インストーラーを使わず、解凍するだけのポータブル版を2つ用意する。 

注意点
2つインストールしても、それぞれ別のサービスとして稼働するため、rootパスワードなどもそれぞれ管理する必要があります。